时间:2021-03-16作者:
新药研发是制药行业最为复杂和最富挑战性的一个环节,一个药物的成败是其活性,生物可利用度和毒性等等诸多因素综合作用的结果。计算机辅助药物设计(Computer Aided Drug Design,CADD)是依据结构生物学、生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果,针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点,并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征,以计算机化学为基础,通过计算机的模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的相互作用,考察药物与靶点的结构互补、性质互补等,设计出合理的药物分子。
对于一个药物学家来说,最赏心悦目的画面莫过于蛋白的三维结构和小分子的复合晶体结构。基于结构的药物发现最具逻辑性,也最有成就感。晶体生物基于自身的计算机虚拟筛选和分子对接平台(如下图),已经成功解析了数百种药物靶点结构,其中包括数十个离子通道蛋白、GPCR和PARPs家族的结构解析。公司成立至今已经解析储备了超过20个靶点结构。
分子对接成功案例
我们基于自己的化合物数据库和商业化的ChemDiv, TargetMol, Enamine, ChemBridge等化合物数据库中共200多万小分子,其中大部分都是可以购买到的实体化合物。采用Dock, Discovery Studio, Schrodinger等软件进行蛋白结构模建、分子动力学模拟、 量子化学计算等分子模拟计算。选取得分高的100个左右化合物,在体外进行分子和细胞水平的测试,最终得到了10个亲和力在μM级别的化合物。通过针对Parps的虚拟筛选,我们从百万级别的化合物中,迅速筛选到了μM级别的化合物,提高了新药研发的速度,缩短了药物研发的周期,节省人力成本和时间成本。
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